当出纳发生短款时，应该按照以下步骤进行处理：
查明原因
首先要查明短款的具体原因。
如果是出纳员个人原因造成的，应由出纳员自行承担损失。
如果是管理不善或其他原因导致的，应由出纳部门负责人承担。
会计处理
在查明原因之前，短款可暂时记入“待处理财产损溢”科目。
会计分录示例：
```
借：待处理财产损溢
贷：库存现金
```
实际处理时，根据原因不同，会计分录可能为：
```
借：其他应收款
管理费用
贷：待处理财产损溢
```
责任追究
对于由出纳员工作不负责任、玩忽职守等原因造成的短款，应追究其经济责任，视情节轻重和损失程度大小，赔偿全部或部分损失，情节严重的要给予行政处分。
对于责任人监守自盗、侵吞公款或挪用公款的情况，应以贪污论处，并可能追究刑事责任。
加强管理
加强财务管理制度，提高出纳人员的责任心，防止类似事件再次发生。
确保处理过程公正、透明，维护公司利益。
请根据具体情况，遵循公司内部规定和相关法律法规进行处理。
