在离婚案件中，如果双方有两个孩子，法院通常会考虑以下因素来决定孩子的抚养权：
孩子的年龄
两周岁以下的子女，一般随母亲生活，除非母亲存在特定情形（如患有严重疾病等），可由父亲抚养。
两周岁至十周岁之间的子女，法院会依据最有利于孩子成长的原则进行判决。
十周岁以上的子女，法院会尊重其真实意愿。
孩子的意愿
如果孩子已满八周岁，法院会考虑孩子的意愿。
双方父母的情况
包括双方的经济状况、身体健康、抚养能力、是否有其他子女、是否做过绝育手术等因素。
特殊情况
如果一方父母无法提供适宜的抚养条件，或者存在久治不愈的传染性疾病等情况，法院可能会判决孩子由另一方抚养。
双方协商
如果双方能够就孩子抚养问题协商一致，法院通常会按照双方的意愿出具判决书。
法院判决
如果协商不成，法院可能会按照一人抚养一个子女的原则进行判决，但这不是绝对的，法院会根据具体情况作出最公正的判决。
需要注意的是，法院在判决时会综合考虑所有相关因素，以保障孩子的最大利益为出发点。此外，抚养费的判决也会根据双方的经济状况和孩子的实际需要来确定。
