发现车辆被套牌后，车主应当采取以下步骤处理：
立即报警
一旦发现车辆涉嫌套牌，车主应立即报警，并向交管部门投诉。报警时，车主需要携带本人的身份证和车辆行驶证原件。
收集证据
车主需要收集所有有利的证据，包括车辆外观的照片、各种停车小票、高速收费小票、行车记录仪、停车场和小区的监控录像等。
向交管部门提交申诉
在收集到足够的证据后，车主可以到车辆登记所在地的交管部门提出申诉，也可以选择到违章所在地进行申诉。申诉时，需要提供详细的报案材料和相关证据。
申请更换车辆牌号
申诉成功后，交管部门会开具车辆被套牌的说明。车主可以凭此说明到车管所申请更换牌号。如果不申请更换牌号，每次套牌车惹事后都需要提供证明材料到交管部门证明清白。
配合调查
车主需要配合交管部门的调查，提供所有可能证明车辆真实身份的证件和资料。如果车主在30日内未能提供合法证明或补办相应手续，车辆可能会被依法没收并拍卖。
法律责任
根据《道路交通安全法》及其实施条例，使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、驾驶证等违法行为，将面临最高15日拘留和2000元至5000元罚款。若情节严重，还可能构成刑事犯罪，需要承担相应的法律责任。
总结：
处理套牌车的主要步骤是报警、收集证据、向交管部门申诉、申请更换车辆牌号，并配合交管部门的调查。车主应尽早行动，以免车辆被没收或拍卖，并面临更严重的法律后果。
