档案整理中属于机密的内容主要包括以下几类：
人事档案：
通常包括干部人事档案、职工档案、学籍档案等，这些都属于机密材料，个人不能接触，且在转递过程中需要走机要通道。
重大科研成果、发明创造及试验、生产的配方和工艺决窍：
这些属于档案工作的重大科研成果，一旦泄露可能会对党和国家造成严重危害和重大损失。
历史档案资料和编研材料中的秘密事项：
涉及中华人民共和国成立以前外国在华机构的各种档案及数量等内容，这些都属于机密范围。
档案后库的秘密事项：
档案后库中的秘密内容也需要严格保密。
批量运输档案的有关秘密事项：
在批量运输档案过程中涉及的秘密信息也属于机密范畴。
公司有效证件、重要工作计划、公司红头文件、单位往来一般工作函件、重要会议纪要：
这些内容若涉及商业秘密或工作秘密，则属于相应的机密档案。
排水管网综合图档案、大中型防洪工程档案：
这些档案根据具体规定可能属于机密或秘密档案。
综上所述，档案整理中属于机密的内容主要涉及人事档案、科研成果、历史档案、档案后库秘密、运输档案秘密以及特定公司和工作中的机密文件等。这些内容在整理、存储和传递过程中都需要严格遵守保密规定。
