运输公司通常归 交通运输部门或者地方交通运输管理部门管辖。交通运输部门是负责管理和监督道路、水路、航空、铁路等各类交通运输的行政管理机构，其下设有各级交通运输管理部门，负责监管和管理本地区内的各类交通运输企业和行业。此外，物流公司还可能归工商行政管理局管理。
具体到运输公司，如汽车运输公司，一般需要在当地交通局备案登记，并接受当地县级以上的交通行政主管部门的管理。而物流公司则主要由交通运输部门进行管理，交通运输部主管全国道路货物运输和货运站管理工作，县级以上地方人民政府交通运输主管部门负责组织领导本行政区域的道路货物运输和货运站管理工作。
综上所述，运输公司主要归交通运输部门或其地方交通运输管理部门管辖，具体管理职责和权限可能因地区和运输类型的不同而有所差异。
