如果发票存根丢失了，可以采取以下措施：
及时报告税务机关并登报声明作废
一旦发现发票存根丢失，应当立即书面报告税务机关，并登报声明作废。这是根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条的规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，发生丢失情形时，应当于发现丢失日书面报告税务机关，并登报声明作废。
向票据供应单位申请重开发票
可以向原票据供应单位提出申请，由其出具新的发票，替换原发票，并填写“卷式发票重开”字样。这样可以确保有新的发票用于后续的财务和税务处理。
向税务机关提出申请并提供相关证据
可以凭票据原件、复印件和其他凭证向主管税务机关提出申请，由主管税务机关出具针对性批复，确认原发票金额及税额数额。此外，纳税人还可以凭以上证据及增值税征收管理办法等有关规定，向银行提出办理增值税发票代扣代缴税款的申请，及时正确地完成纳税义务。
复印存根联并盖章
如果存根联丢失，可以复印存根联并盖章，交给客户入账。同时，财务人员应该设置发票登记本，登记购入发票的数量、号码，开出的发票号码、日期、客户、金额、领取人，并送给客户要客户回签。
办理挂失手续并提供必要资料
遗失普通发票的，必须自行到辖区内的地级市报刊上刊登“遗失声明”，再携带《发票挂失/损毁报告表》、刊登“遗失声明”取得的发票原件或复印件、公安部门受理报案的有关材料等去税务机关办理挂失手续。
开具红字发票冲销原发票
对于增值税发票，如果存根联丢失且已经开具，可以报本公司主管税务局，开具红字发票冲原开发票，然后再重新填开发票给客户。
建立健全的发票管理制度
企业应建立健全的发票管理制度，对开具、存储、备案等各个环节进行规范和管理，加强发票存储的安全措施，确保发票存储的安全性，并定期对发票存根联进行清点和审核。
通过以上措施，可以有效应对发票存根丢失的情况，确保财务和税务处理的合规性和安全性。
