在工程分包的情况下，纳税的具体操作如下：
总承包方的纳税义务
总承包方需要按照合同总金额减去支付给分包方的价款后的余额计算并缴纳增值税。
总承包方是法定扣缴义务人，在支付分包款项时应代扣代缴分包方的税款。
分包方的纳税义务
分包方需对其完成的分包金额承担相应的纳税义务，具体纳税额根据分包金额计算。
分包方通常不需要自行向税务局申报纳税，而是由总承包方代扣代缴。
纳税程序
纳税人领取营业执照后，应向主管税务机关申请办理税务登记，并取得税务登记证。
纳税人应确定办税主管领导、主管会计、主管办税人员，并按照发票管理制度购买、使用发票，建立内部发票管理制度。
纳税人按期如实向主管税务机关进行纳税申报，并报送相关报表、资料，按期缴纳税款。
税额计算
纳税人将建筑工程分包给其他单位时，以取得的全部价款和价外费用扣除支付给其他单位的分包款后的余额为营业额。
应纳税额的计算公式为：应纳税额 = 当期销项税额 - 当期进项税额。
其他相关税种
除了增值税外，分包方还需缴纳城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、印花税等。
总结：
在工程分包中，总承包方负责代扣代缴分包方的税款，并按照相关税法规定计算和缴纳增值税、营业税及其他附加税。分包方需对其分包金额承担相应的纳税义务，通常不需要自行申报纳税。总承包方在支付分包款项时，必须将分包方应缴纳的税款扣除，否则将承担相应的法律责任。
