新疆政府单位包括：
乌鲁木齐市人民政府
克拉玛依市人民政府
吐鲁番市人民政府
哈密市人民政府
伊犁哈萨克自治州人民政府
博尔塔拉蒙古自治州人民政府
昌吉回族自治州人民政府
巴音郭楞蒙古自治州人民政府
克孜勒苏柯尔克孜自治州人民政府
塔城地区行政公署
阿勒泰地区行政公署
阿克苏地区行政公署
喀什地区行政公署
和田地区行政公署
阿拉尔市人民政府
五家渠市人民政府
石河子市人民政府
图木舒克市人民政府
铁门关市人民政府
北屯市人民政府
此外，新疆政府单位还包括多个厅局委办，例如：
发展和改革委员会
教育厅
科学技术厅
工业和信息化厅
民族事务委员会（宗教事务局）
公安厅
民政厅
司法厅
财政厅
人力资源和社会保障厅
自然资源厅
住房和城乡建设厅
生态环境厅
