工程规费的缴纳方式如下：
由建设单位缴纳
工程规费一般由建设单位在建设工程开工前进行缴纳。
在办理施工建设许可证时，需要缴纳的主要费用包括人防异地建设费、农民工保证金、建工保险以及新型墙材专项资金。
政府不强制缴纳
现在很多地方放开了规费缴纳的强制性，其规费缴纳的模式为：政府不强制建设单位缴纳，由施工单位自行按照实际情况向政府支付，再依据合同约定的费率从建设单位处获得工程款抵销相应的成本支出。
规费组成
工程规费根据实际单位的工程排污费、社会保障费、住房公积金由建设单位在工程开工前交纳。
工程规费包括人工费、材料费、施工机具使用费、企业管理费、利润、规费和税金等多个方面。
施工单位缴纳
施工企业的规费应由施工单位自己交的，交给相关的部门，如：社会保障费交给当地社保局；公积金交给当地公积金管理中心等。
建议
建设单位应在工程开工前完成规费的缴纳，以确保施工许可证的顺利办理。
施工单位应了解当地的具体规定，按规定自行缴纳相关规费，并在与建设单位的合同中明确规费的支付方式和抵销条款。
