法院更改案由主要遵循以下程序：
法院审查
法院对当事人提出的变更案由申请进行审查，认为确有必要变更的，应当在法定期限内作出变更决定。
通知当事人
法院将变更后的案由通知当事人，并告知其相应的法律后果。
制作判决书
法院根据变更后的案由制作判决书，并按照法律规定送达当事人。
当事人变更诉讼请求
当事人在诉讼过程中增加或者变更诉讼请求导致诉争法律关系发生变更的，法院应当相应变更案由。
法院调查与认定
在审理过程中，法院若发现当事人起诉的法律关系与实际诉争的法律关系不一致，应当变更个案案由。例如，当事人以侵权为由起诉，审理中发现实际为合同纠纷，法院可变更案由。
复议机关审查
复议机关在审查案件时，若发现原案由不准确，会在复议审查中予以变更。
行政机关调查终结前
若在调查过程中发现新的事实和证据，致使认定的违法事实与立案时的案由不符，可在此时变更案由。
陈述申辩或听证后
当当事人进行陈述申辩或举行听证，提出新的事实和理由，经核实可能需要变更案由。
下达处罚决定前
在对案件全面审查时，若发现案由需变更，应及时变更，以保证处罚决定的准确性。
民事立案审查阶段
法院可根据原告诉讼请求涉及的法律关系性质确定个案案由，如果此时发现原告确定的案由不准确，法院可要求变更。
判决生效后
案由的最终确定以生效判决所认定的法律关系为准，而当判决生效后，案由已经不重要了，因为诉讼案由错误法院判决的目的不是其原因。
建议
当事人变更诉讼请求：法院应当首先征询原告是否同意变更案由，并重新举证和给予被告答辩期，以确保程序的公正性。
